ジャポニカ種は昔から日本近郊で食べられていた種類で、国内や台湾で養殖されているものがそうである。それに対し、アンギラ種は大西洋でとれるうなぎで、最近、中国がその養殖法を確立したため、ヨーロパ産のシラスウナギを中国で養殖し、日本へ輸入されている。ジャポニカのシラスに対しアンギラのシラスは単価が安いため、アンギラ種のうなぎは、低コストで生産できる。現在、スーパーなどで売られているうなぎの多くはアンギラ種でジャポニカ種はうなぎ専門店であつかっていることが多い。

　ジャポニカ種は、マリアナ諸島西方海域で産卵し、日本・韓国・中国など、東アジア一帯に分布している。ジャポニカ種の適水温は、27,28℃ぐらいで、比較的に汚い水でも成育するため日本では、ハウスを使った養殖方法も使われている。成長も早く、半年から1年で出荷でき、出荷時期は12月から3月にかけてで、1月が最盛期となる。台湾ではハウスはあまり使われず、露地ものといわれる野外での養殖法がとられている。露地ものはハウスと違い温度を一定に温かく維持することができないため、台湾産のうなぎは、1年後の夏の土用の頃に出荷される。

　ジャポニカ種はかば焼きにすると繊維がきめ細かく、霜降りである。うなぎそのものの外見的な特徴も身が長くスマートである。脂肪含有量もアンギラに比べ19〜20％くらいと少なめでどちらかといえば、油っぽいものを好まないお年寄りに人気がある。

それに対して、アンギラ種は大西洋、カスピ海で産卵し、一部はアメリカ大陸へ、多くはヨーロッパ大陸へやってくる。

　アンギラ種は養殖時の適水温が22,23℃であり、ジャポニカ種よりも約5℃低い、なおかつ、きれいな水でなければ育たない。そのため中国では、山間部のれき水を利用して養殖している。シラスウナギの状態から出荷するに至るまで2年から3年をようし、病気になりやすいという特徴もある。

　アンギラ種はかば焼きにすると外見で繊維が荒く見えるため、見る人が見ればそれがアンギラ種であると見分けがつく。さばく前のうなぎそのものも身が短く太いという特徴をもっている。そして成分的にもアンギラ種は脂肪含有量が25％くらいと多いことがわかる。その中でも特にデンマークで養殖されたものは脂肪含有量が27％と高い数値になっている。そのため脂肪の多いアンギラ種はジャポニカ種と比べると、若い世代の人々に好まれる。その他の栄養素の含有量がほぼ同じであることからみると、脂肪含有量は、大きく違うことがわかる。さらに2〜3年と長く飼育することから皮が微妙に硬いという特徴をもっている。

　ジャポニカ種とアンギラ種は蒲焼だとジャポニカ種の方が1割ぐらい高くなる。これはジャポニカ種が2,000円だとするとアンギラ種は1,800円ぐらいである。鰻の蒲焼の値段は必ずしも一律ではない。このことは年によって鰻にも流行があるためである。またサイズによっても人気・値段が異なる。極端に太いものや細いものは安い。これはスーパー側が売り場のスペースを考えておかないということもあるし、消費者側からしてみると骨が気になるという問題や皮が硬いという問題がある。だからその真ん中ぐらいのちょうど良い大きさのものが人気があり、高い。単位的には10kg（1カートン）60〜80規格ぐらいに人気がある。　※規格＝匹

　アンギラ種とジャポニカ種の相違についてジャポニカ種とアンギラ種を相違している人や、文献は少なく、さらに鰻の生態についてはまだまだ謎が多く、これ以上、論文に付け加えるのは難しい。だが、魚類学的にみたり、DNAを比べることもできたかもしれない。このように鰻は奥が深く、まだまだ未知の生物である。