ことえりではキーのカスタマイズができませんが、リソースを変更してATOK風のキーバインドにするパッチがあります。
これは、MacOS 8.1用なので最新のことえりに対応しているのかどうかわかりませんが、ドキュメントにはリソースの解析結果も載っているので、ResEditを使える人なら自由にカスタマイズできるかもしれません。
このパッチの技術情報を元に、 R117さんが最新のことえりに対応したパッチを作っていらっしゃいます。
「ことえりJ-2.2.1」〜「ことえりJ-2.3.3」のキー定義を「ATOK風」にするパッチ
また、ことえりのキーバインドを変更する時に便利な、Resorcerer用テンプレートもあります。（注：ResEditでは使えません）
「ことえり」key assign resource用 Resorcerer template
私はことえりのキーバインドに慣れてしまっているので、上記パッチ等は試していません。一応紹介だけしておきます。
