ヤッターマンのストーリーの概要を説明します。
ヤッターマンは30分間完全１話完結のアニメーションです （詳しくはPRACTICE-5.形式 参照）。１話30分間で起承転結を踏まなければならないため、第1話のみで、おおまかな、ストーリーの舞台とキャラクターの設定が示されています。なお、キャラクターは善玉と悪玉に分けられています （詳しくはTHEORY-キャラクター 参照）。また、同時に、悪玉キャラクターには、目標が与えられ、善玉キャラクターには悪玉キャラクターの目標を阻む目標が与えられています。第2話以降のストーリーは各キャラクターが目標達成のため、試行錯誤していく様子が描かれ、最終回には悪玉キャラクターの目標達成とそれに対するオチで終わっています。
以上がストーリーの骨子をなすものですが、ヤッターマンの世界を広げているのは伏線です。ドロンジョのヤッターマン１号への横恋慕など、絶妙な伏線が張られています。ストーリー前半では目立った伏線は無く、後半に盛り上がります。
後半に入ると各話のストーリー展開は一変します。それは大型メカヤッターキングの登場と同じく大型メカヤッターゾウの出現によるところが大きいです。ヤッターキング登場からの変化は 別文を参照して戴くとし、ここではヤッターゾウの出現によって変わった展開を説明します。
ヤッターゾウの出現はメカ戦を再度一変させています。ドロンボーメカとヤッターメカが全くと言って良いほど戦闘をしなくなります。勝敗はゾロメカ戦にかかってきます。ゾロメカの戦いに破れた側が自爆するという取り決めをし、それに従い毎回ドロンボーメカは爆発します。ゾロメカ戦が戦闘において重要な位置を占めるようになってきたこととヤッターゾウ自体の特質はなんら関係を見いだすことはできませんが、その二つは符合します。また、（大）メカ戦がなくなったことにより「あそび」の時間が増えたことはゾロメカ戦の充実とともに先程説明した伏線が盛り上がることと関連しています。