数式番号にsectionの番号をつけるには？ [Narita]

プリアンブルに以下のようにして、\theequation の定義を変更してみてください。

% 数式番号に章番号を追加
\makeatletter
\@addtoreset{equation}{section}
\def\theequation{\thesection.\arabic{equation}}
\makeatother

これで、数式番号が(1.1)、(1.2)・・・(2.1)のようになります。
\@addtoreset{cA}{cB}というのは、カウンタ cB が変化するときにカウンタ cA を0にリセットするというものです。

参考文献

「LaTeXのマクロやスタイルファイルの利用(Ver.2.15)」岩熊哲夫・古川徹生著
通称「styleuse」
ここにあります。